1999년, 세기말 미스터리 학원청춘물 19년 전 근양 화학공장 폭발사고는 산업재해가 아니었다. 도시 지하에 잠들어있던 ‘그것’을 깨우는 비밀실험이 있었고, 수 억 년을 잠자던 위험한 입자들이 공장굴뚝을 통해 도시 전체로 퍼져나갔다. 재난으로 죽어버린 도시, 하지만 사람들은 여전히 살아가고 아이들은 태어났다. 과거에 지상으로 배출된 ‘그것’도 도시의 어둠 속에 공생하고 있다. 사고 다음 해에 태어난 아이들이 18살이 된 1999년의 여름! 다시 한 번 어둠 속의 비밀은 깨어나려 하는데..... 1999년, 세기말 한 마을에서 벌어지는 각종 미스터리한 사건. 그 사건을 파헤치는 겁 없는 소녀와 아이들, 그리고 정체모를 각종 괴물들. 반대로 그 사건을 덮으려는 어른들과 모든 근원인 ‘그것’이 드러난다!